漢文訓読は9世紀頃までは個々の間で比較的自由に解釈されていたと見られている。ところが、10世紀に入ると家学の成立によって菅原氏・大江氏・藤原氏などのそれぞれの家で漢文訓読の流派が成立した。また同様に、漢文経典を採用していた仏教の宗派間でも経典の訓読方法が宗教的な論争に至る例もあった。とはいえ、漢文訓読体という1つの表現手法が広く日本社会で受容されたのがこの時期であったのも事実である。13世紀に宋学や禅宗が伝来すると、当初はこれらも従来の漢文訓読で解釈されていた。だが、口語体の変化に伴う乖離の拡大と博士家による独占的な漢文訓読の強要に反発して、禅僧を中心に新たな訓法を模索する動きが強まり、中世後期から近世にかけてより口語に近い漢文訓読や反対により原文に忠実な漢文訓読なども行われるようになった。ただし、仏教界では自己宗派の正当性に関わる問題だけに、漢文訓読の方法論の改革には慎重な姿勢がみられた。サンスクリットの原文を漢字で音写した般若心経やその他多くの仏教経典については、現在まで漢文構成を変えずに直読されている。 江戸時代から明治初期の知識人は、漢文を教養素地として漢文訓読を重要視してそれぞれの受けた教育や立場に基づく漢文訓読を行う態度を示している。